I casi sono tre:
Le nuvole sono modelli 3D (all'incirca come è in Minecraft). Non è però un buon metodo perché ti da poca flessibilità e spero che non l'abbiano usato.
Le nuvole sono semplici immagini spalmate sulla sfera celeste, come le stelle o il sole. Qua hai molta più flessibilità e pochissimo peso sull'hardware.
Infine, le nuvole sono effetti particellari. La flessibilità è massima e puoi fare praticamente quello che vuoi, ma è anche il metodo più pesante per un pc.
Ci possono essere anche metodi ibridi, che sfruttano più di uno dei tre metodi o che, per dire, usano immagini più o meno bidmensionali posizionate su vari livelli a determinate altezze (Minecraft).
Nell'immagine che hai riportato sembra il secondo caso. Ciò non toglie la possibilità di avere nuvole altamente personalizzabili e volendo anche controllabili, tramite, ad esempio, i sistemi che ha descritto @MastroFenice.